נוהל זה מסדיר את אופן תפיסתם, הובלתם והעברתם להסגר של בעלי חיים כגון בקר, צאן וגמלים, במטרה לשמור על בריאות הציבור, למנוע הפצת מחלות, להבטיח את רווחת בעלי החיים ולפעול בהתאם להוראות הדין.הנוהל חל על כלל הגופים המוסמכים לתפיסת בעלי חיים, בהם משטרת ישראל, הסיירת הירוקה, היחידה המרכזית לאכיפה וחקירות במשרד החקלאות ופקחים מוסמכים נוספים. הוא מגדיר את תחומי האחריות, הליכי התיאום והפיקוח, דרישות ההובלה והטיפול הווטרינרי בתחנות ההסגר.במסגרת הנוהל נקבע כי כל העברה להסגר מחייבת תיאום מוקדם עם הלשכה הווטרינרית המחוזית וביצוע הערכת סיכונים מקצועית, הכוללת בחינת מצב בריאותי, סיכוני מחלות, תנאי רווחה ויכולת הקליטה בתחנת ההסגר.הנוהל מדגיש את החובה לבצע את הלכידה וההובלה באופן הומני ותוך צמצום סבל ולחץ לבעלי החיים. בנוסף נקבעו הוראות מחייבות בנוגע לסימון, שיבוב, חיסונים, נטילת דגימות, תיעוד רפואי ופיקוח וטרינרי שוטף לאורך כל תקופת ההסגר.תחנות ההסגר מחויבות להפעיל מערך טיפולים וטרינריים מלא, לקיים תנאי מחיה נאותים ולתעד את כלל הפעולות שבוצעו. שחרור בעלי החיים יתאפשר רק לאחר הסדרת הבעלות וקבלת האישורים הנדרשים בהתאם לדין.הנוהל כולל גם נספחים מקצועיים ובהם הוראות סימון וחיסון, טפסי קליטה והעברה, דרישות צפיפות בהובלה, פרוטוקול טיפולים ופרטי קשר של הלשכות הווטרינריות המחוזיות. 