מערך הביקורת המרכזי על מוסדות ציבור

אחת ממשימותיו המרכזיות של החשב הכללי בתחום התמיכות היא לוודא כי כספי התמיכות ישמשו לייעדם  והכל בהתאם לעמידה בנוהל שר אוצר. לצורך כך הוקם בשנת 2004 מערך הביקורת המרכזי על גופים הנתמכים מתקציב המדינה בהתאם לסעיף 3א' לחוק יסודות התקציב, מתוך כוונה להחיל מדיניות וכללים אחידים בביצוע ביקורות על כספי התמיכה המחולקים לגופים ועל השימוש בהם בהתאם לנוהל שר האוצר. המערך כולל 22 משרדי רואי חשבון, מתוכם 4 משרדים משמשים כמרכזי תחום (חינוך ורווחה, תרבות וספורט, דתות ואחר) ומרכזת המערך הכולל. מערך זה מסייע לכל משרדי הממשלה המעבירים תמיכות לעמותות על פי סעיף 3א' לחוק יסודות התקציב ומבצע ביקורות עומק בגופים נתמכים לפי תכנית עבודה רב שנתית, המבוססת על פרמטרים המעריכים את סיכון העמותה ואיכות בקרתה. מערך הביקורת משתף פעולה עם גורמים ממשלתיים שונים על מנת לייעל את עבודת הממשלה. כך, קביעת תכנית העבודה מתואמת עם רשם התאגידים כדי למנוע כפילות בביקורות ובנוסף, דוחות הביקורת מועברים לגורמים שונים בהתאם למהות הממצאים (רשות המיסים, רשות להלבנת הון, משטרה וכו').